2016年3月8日，經北京市科委對2011年度認定的北京市重點實驗室和工程技術研究中心進行績效考核，北京市蛋白功能肽工程技術研究中心通過材料考評、會議考評、現場考評，績效考評的最終結果為“優秀”，在公共安全領域排名第一，總排名為9/127。這對于北京市蛋白功能肽工程技術研究中心進一步加強平臺建設，提升科技創新能力具有重大意義。

2011年，由北京市科學技術委員會認定為北京市重點實驗室。2012年5月，“北京市蛋白功能肽工程技術研究中心”獲北京市科學技術委員會批準正式掛牌成立。北京市蛋白功能肽工程技術研究中心是以中國食品發酵工業研究院為依托單位，北京同仁堂健康藥業股份有限公司和北京中食海氏生物技術有限公司為共建單位，建立的國內首個從事蛋白功能肽研發的科技創新平臺。下設新產品工藝與工程研發中心、基礎研究中心、營養支持與評價中心，從基礎研究、工藝與工程化研究、產品研發、功能性研究、功能性成分分離鑒定和營養支持與評價等方面全方位為客戶提供系統化服務。